A CBF com sede no Rio de Janeiro, definiu na última quarta-feira (9/5), os confrontos da terceira fase da Copa do Brasil 2025, em jogos de ida e volta, que serão realizados nas semanas de 30 de abril e 21 de maio.

. Fluminense-RJ X Aparecidense-GO 

. Operário-PR X Vasco da Gama-RJ 

. Paysandu X Bahia 

. Botafogo-RJ X Capital-DF

. Internacional-RS X Maracanã-CE 

. Retrô-PE X Fortaleza-CE 

. Brusque-SC X Atlético-PR 

. Ceará X Palmeiras

. Botafogo-PB X Flamengo-RJ 

. São Paulo X Náutico-PE 

. Cruzeiro X Vila Nova-GO. 

. Santos-SP X CRB-AL

. Novorizontino-SP X Corinthians-SP 

. Criciúma-SC X Bragantino

.CSA-AL X Grêmio 

Obs.: Em caso de empate na soma dos dois resultados, a decisão da classificação será nos pênaltis.

12 equipes entram na Copa do Brasil na terceira fase: Botafogo, Flamengo, Palmeiras, Internacional, Fortaleza, São Paulo, Corinthians e Bahia, (classificados à Taça Libertadores), Cruzeiro-MG )classificado pela posição no Brasileirão de 2024) Santos (Campeão da Série B de 2024), CRB-AL (Campeão da Copa do Nordeste) e Payssandú-PA (Campeão da Copa Verde).